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一，員工直接持股方式做股權激勵的稅負
員工直接持股轉讓的所得稅
對個人轉讓股權時取得的所得，按照“財產轉讓所得”，適用20%的比例稅率征收個人所得稅。個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅。合理費用是指股權轉讓時按照規(guī)定支付的有關稅費。
應納稅所得額=股轉讓收入-(股權原值+合理稅費)。
拿不出股權的原值憑證的，對不起了，一律按轉讓收入的15%核定原值及合理稅費。員工直接持股時，股權轉讓所得稅為轉讓所得的20%，還可以有抵扣。如按核定征收，稅率為股權轉讓收入的20%*(1-15%)，即17%。不存在抵扣。你會很慘。
員工直接持股獲得的股息紅利所得稅
根據《個人所得稅法》第三條第五款，利息、股息、紅利所得稅率為20%

二，員工通過公司持股方式做股權激勵的稅負
股份轉讓所得稅
持股平臺公司轉讓股份時，需要按25%的稅率繳納企業(yè)所得稅，平臺公司再向自然人股東分紅時，又要扒一層皮，自然人股東按20%的稅率繳納個人所得稅。
扒了二層皮后的實際稅率為1-(1-25%)(1-20%)=40%。公司賺100元，就要給國家40元，稅負太高了。
股息紅利所得稅
居民企業(yè)之間的股息、紅利等權益性投資收益，是指居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益。一般不收稅。也就是企業(yè)給企業(yè)的分紅，不需要繳稅。
因此，員工持股平臺公司從標的公司取得分紅時不需要繳納企業(yè)所得稅。員工持股平臺公司分紅時，自然人股東需要繳納20%的個人所得稅就行了。公司分紅賺100元，交給國家20元。稅負還可以。

三，員工通過有限合伙企業(yè)持股方式進行股權激勵的稅負
自然人作為有限合伙人的股權轉讓所得稅。
個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
有限合伙企業(yè)作為持股平臺，轉讓股權，合伙企業(yè)層面不交所得稅，但是有限合伙人個人層面需要交所得稅。合伙企業(yè)轉讓股權時，自然人合伙人按5%至35%的累進稅率征收個人所得稅。
自然人作為有限合伙人的股息紅利所得稅
個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業(yè)的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。
以合伙企業(yè)名義對外投資分回利息或者股息、紅利的，應按《通知》所附規(guī)定的第五條精神確定各個投資者的利息、股息、紅利所得，分別按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。
通知第五條規(guī)定，個人獨資企業(yè)的投資者以全部生產經營所得為應納稅所得額；合伙企業(yè)的投資者按照合伙企業(yè)的全部生產經營所得和合伙協(xié)議約定的分配比例確定應納稅所得額，合伙協(xié)議沒有約定分配比例的，以全部生產經營所得和合伙人數量平均計算每個投資者的應納稅所得額。
前款所稱生產經營所得，包括企業(yè)分配給投資者個人的所得和企業(yè)當年留存的所得(利潤)。
上面的意思就是說，合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入合伙企業(yè)的收入，不適用5%-35%稅率，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。而根據《個人所得稅法》第三條第五款，利息、股息、紅利所得稅率為20%。
因此，自然人通過有限合伙企業(yè)持股時，從公司取得的股息紅利的個人所得稅稅率為20%。

四，股權激勵的三種持股方式比較
1、員工直接持股：股權轉讓稅率為20%，可以抵扣，按核定征收20%*(1-15%)，實際稅率為17%。不存在抵扣。股權分紅所得稅為20%，
2、員工通過公司間接持股：稅負最高：股權轉讓稅負40%，股權分紅稅負20%，
3、員工通過合伙企業(yè)間接持股，股權轉讓稅負為5%-35%五級超額累進稅率，股權分工收入為20%。

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